Packrat: パッケージ管理入門

あなたの書いたRのコード

PC買い換えたら
動かなくなるかも

他の人のPCで実行したら
挙動が変わってしまうかも

原因はいろいろあるけど特に

パッケージのバージョンは?

Rのコードだけでなく

Packrat

RStudio製のパッケージ管理システム

パッケージ管理を始める

Rのコードを書いたら

library(dplyr)

starwars %>%
    mutate(name, bmi = mass / ((height / 100)  ^ 2)) %>%
    select(name:mass, bmi)

packrat::init() でPackratプロジェクトを初期化

> packrat::init()

すると必要なパッケージがプロジェクト内 (packrat/lib/) にインストールされて

パッケージのバージョンが packrat/packrat.lock に記録される。

PackratFormat: 1.4
PackratVersion: 0.4.9.1
RVersion: 3.4.4
Repos: CRAN=https://cran.ism.ac.jp

(略)

Package: dplyr
Source: CRAN
Version: 0.7.4
Hash: cf677ec8dad7a45d1397dd7e72ef30c6
Requires: BH, R6, Rcpp, assertthat, bindrcpp, glue, magrittr,
    pkgconfig, plogr, rlang, tibble

Package: glue
Source: CRAN
Version: 1.2.0
Hash: 381e42baedecc633c0e547a0c7ca9de7

(略)

以降はプロジェクト内にインストールされたライブラリを使うようになる。

> .libPaths()
[1] "/home/igjit/sample_proj/packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.4"    
[2] "/home/igjit/sample_proj/packrat/lib-ext/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.4"
[3] "/home/igjit/sample_proj/packrat/lib-R/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.4"  

パッケージを追加でインストール

> install.packages("stringr")
 パッケージを ‘/home/igjit/sample_proj/packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.4’ 中にインストールします 
 (‘lib’ が指定されていないため) 
 依存対象 (dependency) ‘stringi’ もインストールします 

 :

packrat::status() で現状を確認

> packrat::status()

The following packages have been updated in your library, but have not been recorded in packrat:
              library   packrat
    stringi     1.1.7        NA
    stringr     1.3.0        NA

Use packrat::snapshot() to record these packages in packrat.
> 

これらはまだPackratで管理されていない。

packrat::snapshot() でスナップショット取得

> packrat::snapshot()

Adding these packages to packrat:
            _      
    stringi   1.1.7
    stringr   1.3.0

Snapshot written to '/home/igjit/sample_proj/packrat/packrat.lock'
> 

プロジェクトで使うバージョンが固定される。

簡単

パッケージの復元

別の環境でパッケージを復元する

別のPCにプロジェクトのディレクトリを持ってくる

(gitを使っている場合)

$ git clone path/to/sample_proj

Rを起動するだけでPackratが自動でインストールされる

$ cd sample_proj/
$ R -q
Packrat is not installed in the local library -- attempting to bootstrap an installation...
> Installing packrat into project private library:
- 'packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.4'
* installing *source* package ‘packrat’ ...
**  パッケージ ‘packrat’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (packrat)
> Attaching packrat
> Restoring library
> Packrat bootstrap successfully completed. Entering packrat mode...
Packrat mode on. Using library in directory:
- "~/sample_proj/packrat/lib"
> 

packrat::restore() で全く同じバージョンのパッケージがインストールされる

> packrat::restore()
Installing BH (1.66.0-1) ... 
    OK (built source)
 :
Installing tibble (1.4.2) ... 
    OK (built source)
Installing dplyr (0.7.4) ... 
    OK (built source)
> 

簡単

RStudioで使う

Tools > Project Options

選択

Packages pane で Packrat > Check Library Status

Snapshotを取得

プロジェクトで使うバージョンが固定される。

簡単

デプロイ

Rコンソールを立ち上げずに非対話でパッケージを配置する方法

.Rprofile に CRANミラーを追記しておいて

options(repos = c(CRAN = "http://cloud.r-project.org/"))  # 追記

#### -- Packrat Autoloader (version 0.4.9-1) -- ####
source("packrat/init.R")
#### -- End Packrat Autoloader -- ####

コマンド実行

R --vanilla --slave -f .Rprofile --args --bootstrap-packrat &&
  Rscript --no-save --no-restore --no-site-file --no-environ -e 'packrat::restore()'

(もっと良いやり方あったら教えてください。)

参考

公式ページ

https://rstudio.github.io/packrat/

まとめ

パッケージ管理

いつどこで実行しても同じ結果になるように

Enjoy!